公司让员工在项目上打卡，甲方用农民工账户支

这种行为可能违法。依据相关法律规定，公司用个人账户发工资需合规上报，否则可能构成偷税漏税，依据《中华人民共和国税收征收管理法》，将面临法律制裁。不及时处理可能导致公司财务混乱，税务风险增加。
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此行为需甄别。操作建议：1.核实工资支付方式是否合规，若不合规，立即停止并纠正；2.若涉及偷税漏税，主动向税务部门补缴税款并说明情况；3.完善公司财务制度，确保所有支付均符合《公司法》及税务法规要求，避免法律风险。
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常见处理方式为核实并调整支付方式。若确为避税，应立即纠正并补缴税款；若为合规操作，需确保财务流程透明。选择处理方式时，应依据实际情况和法律法规，避免税务风险。